National Ground Water Association（NGWA)指出，細菌和硝酸鹽在環境中分布廣泛，所以每一個家庭水井業主應當定期檢查水質，確保水井不存在健康風險。
盡管大多數在水中發現的細菌不會引起疾病，但被稱為病原體的致病細菌在某些條件下會存在於井水中。NGWA說。Nitrate在鄉村地區很常見，因為它是化肥中常見成分，此外還因為它有時與動物或人類排泄物聯系在一起。
「因為細菌和硝酸鹽的普遍存在，我們建議水井擁有者每年對水井進行檢測，」NGWA公共宣導主任Cliff Treyens。「通過正規的實驗室檢測了解你是否面臨細菌或硝酸鹽問題是確保用水安全的關鍵。」
細菌: 大腸杆菌是環境中自然存在的細菌，是存在病原體的信號。糞便大腸杆菌和埃希氏大腸杆菌的存在表明水可能受到對人體健康有害的人類或動物糞便的汙染。病原體可以引起腹瀉、痙攣、嘔吐和頭痛。在極端情況下，它們會導致生命危險。
細菌可能來源包括：
· * 林地、牧場和飼養場徑流
· * 化糞池和垃圾場
· * 馴養和野生動物
細菌進入井水的可能途徑包括:
· * 水管壓力減小或吸入作用使得土壤水分從管道接口處進入水管
· * 井蓋、薄膠泥等水井衛生密封不佳
如果檢測結果顯示井水中有細菌，那麼一位有資格水井專業人士應當確定細菌進入水井的原因或途徑。應當由專業人士對水井進行必要的維修和消毒。
硝酸鹽: 硝酸鹽的最大來源是農作物化肥。動物和人類排泄物以氨的形態含有硝酸鹽。
硝酸鹽其他來源還包括：
· * 降解植物和動物組織
· * 汙水
· * 化糞池
· * 工業廢水
· * 垃圾填埋場
硝酸鹽最大的健康風險是「藍嬰綜合症」，又稱高鐵血紅蛋白血症。這種綜合症是由嬰兒沖泡奶粉水中含有過量硝酸鹽引起的。0-3歲嬰兒風險最高。這種病症影響嬰兒血液輸送氧氣至身體組織的能力。
U.S. Environmental Protection Agency（EPA)規定水中硝酸鹽最大含量為每升10毫克。EPA已經核准了一些硝酸鹽清除方法，包括反滲透和離子交換法。反滲透在通常用於廚房水槽的使用點系統中效果最佳。配合以水質軟化系統的離子交換法可以提供家庭整體硝酸鹽清除解決方案。
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