即使工程進度按部就班，海灣大橋新東跨橋看不到的花費還是不斷飆升，讓繳過橋費駕駛人有要扛超支數百萬的風險。

據州議會的報告，儘管三人監督委員會已盡了最大努力，但所有海灣大橋計畫的應急 (rainy-day) 基金九億元，如今只剩下6,800萬。

而官員們表示，他們必須隨時準備1到2.7億元的錢，以應問題叢生的海灣大橋工程，目前它已是總工程費達67億元的大錢坑。

不過大都會交通委員執行董事Steve Heminger說，缺口不會用調高過橋費來補。取而代之的是，灣區通行費管理局 (BATA) 要自己想辦法籌應急基金，且如果需要的話，會用來支持橋梁改善工程。

Heminger說：「下次要調高通行費的時候就是選民告訴我們的時候，如果我們必須調高，BATA也會有足夠的預備金來因應不可預測的超支。」